Ernst Brunner wurde am 5. Dezember 1901 in Mettmenstetten (ZH) geboren. Nach der Lehre als Schreiner im väterlichen Betrieb war er an der Kunstgewerbeschule Zürich und von 1923 bis 1925 an der Schreiner-Fachschule in Nürnberg. 1929 zog er nach Luzern und arbeitete als Zeichner für den Innenausbau. 1936 wurde er arbeitslos und meldete sich beim Technischen Arbeitsdienst der Stadt Luzern – „im Rahmen öffentlicher Beschäftigungsprogramme für Arbeitslose wird er bei der Inventarisierung historischer Baudenkmäler eingesetzt. Bei dieser Gelegenheit kann er wahrscheinlich auch neue Erfahrungen mit der Kamera sammeln“ (Pfrunder 1997, S. 39). 

1936/1937 startete Brunner seine ersten Versuche als Fotoreporter. Wenig später belieferte er die illustrierten Zeitschriften Schweizer Heim und Schweizer Familie des Regina Verlags Zürich. 

Ab 1950 widmete sich Brunner der Bauernhausforschung und wird von der Vereinigung Luzerner Bauernhausforschung als Aufnahmeleiter bestimmt. Ab Mitte der sechziger Jahre war er zudem am Aufbau des Schweizerisches Landwirtschaftsmuseum Burgrain in Alberswil beteiligt.

Brunner lebte für längere Zeit in einer Einzimmerwohnung an der Murbacherstrasse 31 in Luzern. Die Wohnung diente auch als Arbeitszimmer und in der Küche richtete er ein Fotolabor ein. Im Jahr 1948 heiratete er Ida Buchmann und zog in den Haushalt der Familie Buchmann an der Himmelrichstrasse 15, ebenfalls in Luzern. Er lebte fortan mit seiner Schwägerin Hermine Buchmann und seiner Schwiegermutter Ida Buchmann-Unternährer zusammen.

Der Bruder von Brunner lebte mit seiner Familie in Zürich. Die Nichte Evi Henry-Brunner hat Brunner mehrmals abgelichtet.

Ernst Brunner starb am 1. Juni 1979 in Luzern an einem Herzversagen. Rund 47'800 Negative und 20'000 Positive aus seinem Nachlass gelangten schliesslich 1980 zur SGV. 

Siehe auch: Pfrunder, Peter: Ernst Brunner. Photographien 1937-1962. Basel/Zürich, 1997.