Andreas Werthemann hat 1928 in Basel habilitiert. Ab 1932 war ausserordentlicher Professer der pathologischen Anatomie und Prosektor an der Universität Basel, ab 1937 war er Ordinarius am Institut für Pathologische Anatomie und 1957 sowie 1959 Rektor. 1967 ist er emeritiert. Von 1968 bis 1972 präsidierte er die Schweizerische Akademie der Medizinischen Wissenschaften. Zudem war er langjähriger Präsident der Allgemeinen Musikgesellschaft in Basel. 1974 ist er an Leukämie gestorben (siehe 550 Jahre Universität Basel).