Werner Schmitter absolvierte die Evangelische Mittelschule Schiers und studierte danach Germanistik, Geschichte und Volkskunde an der Universität Zürich. 1953 veröffentlichte er seine Dissertation «Waldarbeit und Waldarbeiter im Prättigau». Anschliessend war er Kantonsschullehrer für Deutsch und Geschichte in St. Gallen.